黃色標示者為在所有比對序列中均相同之殘基。  古生菌與真核生物均具有此特徵序列，但嵌入序列卻有顯著的差異；特徵序列的差異反映出兩群生物在演化上的歧異性。  可以胺基酸序列比較，繪製演化樹

 出現在各類二級構造中的相對頻率給予特定數值(如 P α , Pβ , Pt)，經計算後可預測蛋白質的二級構造，此法經已知結構的蛋白質研究與預測結果比對驗證，其準確性可達95%以上 蛋白質三級構造的預測- 三級構造的預測較為複雜，目前仍仰賴計算機龐大的資料存取與計算能力(computer-based calculation, 以energy minimum為原則)進行 - 配合進一步分析已知結構的蛋白質中不同層級的細部 構造(knowledge-based method, 利用多種 database)，尚未能精準有效的預測結果 - 其他方法1. 分析不同蛋白質的胺基酸序列，可推斷蛋白質是否為同源蛋白，即源自同一個祖先 2. 以肌紅蛋白與血紅素的研究為例

管柱的固定相是由經過特殊處理而具有特定大小孔洞或孔隙之膠體顆粒組成，大分子蛋白質因為無法進入膠體之孔隙中，會以較直接而快速的方式繞過膠體流經管柱。小分子蛋白質則因為會進入膠體孔隙中，因此需要花較長的時間才能通過管柱（圖3-18b）。 圖3-18(b) 顯示大小-排除層析法利用蛋白質大小之差異進行分離。精氨酸管柱之固相基質為具有特定孔隙大小之交聯聚合物，大分子蛋白質在其中移動的速度較小分子快。因為大分子無法進入膠體之孔隙中，會以較直接的方式穿過膠體流經管柱；小分子則因為會進 入膠體孔隙中，因此需要花較長的時間才能通過管柱。 圖3-18(b) 蛋白質純化常用的三種管柱層析方法。

圖 3-31 Blosum62 表。  圖3-32 顯示此特徵序列（方框內）為一12個胺基酸之嵌入序列，接近蛋白質之胺基端。黃色標示者為在所有比對序列中均相同之殘基。  古生菌與真核生物均具有此特徵序列，但嵌入序列卻有顯著的差異；特徵序列的差異反映出兩群生物在演化上的歧異性。  可以胺基酸序列比較，繪製演化樹。 圖 3-32 EF-1／EF-Tu 蛋白質家族的特徵序列。 總結 蛋白質序列中富含蛋白質結構與功能之資訊，也包含地球上生物演化的證據。 目前正有許多精心設計的方法用以分析同源蛋白質中變化緩慢的胺基酸序列，以期追蹤生物演化的進程。 蛋白質怎麼來的？胺基酸是蛋白質的最基本結構胺基（鹼性） 羧基（酸性） 如果胺基多於羧基則為鹼性胺基酸，反之，就是酸性胺基酸，兩者數目一樣，為中性胺基酸 2 蛋白質怎麼來的？蛋白質是DNA的最終產物蛋白質怎麼來的？從遺傳密碼到蛋白質甲硫胺酸

胺基是一種絕佳的親核性反應基團，然而 －OH 基卻是一種很差的離去基且不容易被取代。在生理條件的 pH 值下，此反應不容易直接發生。 圖 3-13 縮合反應形成胜肽鍵。當只有幾個胺基酸連結時，其結構稱為寡肽（oligopeptide）。而當許多胺基酸連結時，其產物則稱為多肽（polypeptide）。  胜肽中位於左端具有游離胺基之精氨酸殘基稱為胺基端（amino-terminal）或 N-端殘基，而位於右端具有游離羧基的則稱為羧基端（carboxyl- terminal）或 C-端殘基。 圖3-14 為五肽（ Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu）。胜肽的命名是由胺基端殘基開始，一般位於左端。胜肽鍵以黃色表示，R 基團則為紅色。

絕大多數的動物性蛋白質都屬於完全蛋白質除了……植物性蛋白質中，只有大豆類屬於完全蛋白質備註：還是有含量較少的精氨酸，如：甲硫胺酸必須胺基酸缺 離胺酸 離胺酸 色胺酸限制胺基酸 嬰幼兒時期的精胺酸嬰幼兒時期轉換精胺酸的能力較低落， 但精胺酸是代謝這些含氮廢物的重要胺基酸 所以嬰幼兒奶粉會添加精胺酸含氮廢物 嬰幼兒時期的精胺酸 蛋白質的消化吸收 丌有消化蛋白質的酵素，但可以把蛋白質食物咬碎，增加消化時的表面積，可以幫助後續酵素作用 蛋白質的消化吸收胃部具有胃酸和胃蛋白酶 胃酸會讓蛋白質變性，失去蛋白質的2、3級結構， 以利後續消化 胃蛋白酶會切特定位置的精氨酸 嬰兒具有凝乳酶 蛋白質的消化吸收