天門冬醯胺酸與麩醯胺酸的側鏈的去醯胺作用,碳的異構化作用,胺基與葡萄糖間非酵素的反應(最普遍)等 - 此類不正常或老化的蛋白質需持續被分解移除2. 細胞內特定蛋白質的含量是維持動態平衡的狀態

 蛋白質的持續分解除了是一般的新陳代謝外,也可用來移除外來的蛋白質及對環境變化的調適(如因應養份不足與不同發育階段的需求等) 3. 影響蛋白質分解速率的因子蛋白質分解(水解)的過程需要能量,具有一級反應的動力特性,且被分解的蛋白質分子是隨機選取 正常細胞內不同的蛋白質有不同的分解速率精氨酸- 蛋白質的半生期(half-life)較短者,細胞內分解的速率較快


蛋白質序列可供解讀地球上生命的歷史  演化資訊的複雜性,會以任何可能的方式儲存於蛋白質序列之中。  以一種特定蛋白質而言,對其活性重要的精氨酸殘基 會隨著演化時間保留下來,而較不重要的胺基酸殘基就有可能隨時間改變(即可能被其他胺基酸所取代),這些發生變化的殘基可以提供追蹤演化的重要資訊。  胺基酸的取代並非總是隨機的。在某些蛋白質的一級結構裡,為了保持蛋白質的正常功能,僅能容許特定精氨酸的取代。而有些蛋白質的胺基酸變異性會比其他蛋白質來得高。  基於上述及其他原因,蛋白質彼此之間的演化速率會有差異性。

蛋白質激酶A的活化 1. 細胞內蛋白質的新陳代謝(分解)蛋白質雖有驚人的特性,卻非“長生不老”,蛋白質隨著“年紀”的增長,會累積多種發生的化學反應而造成生物活性的喪失 - 如精氨酸支鏈的硫原子氧化,天門冬醯胺酸與麩醯胺酸的側鏈的去醯胺作用,碳的異構化作用,胺基與葡萄糖間非酵素的反應(最普遍)等 - 此類不正常或老化的蛋白質需持續被分解移除2. 細胞內特定蛋白質的含量是維持動態平衡的狀態 蛋白質持續地被製造與被分解

當要求較高之相同性時,最具保守性之胺基酸殘基往往會被過分呈現,而使得這些基質在用來辨識相關性較低之同源蛋白質時較不適用。  測試結果顯示 Blosum62 精氨酸可提供範圍最大的蛋白質家族之可靠比對,因此它也成為許多序列比對軟體之系統原始設定表格。  圖3-31 顯示此區塊取代基質表是經由比較數以千計之序列比對小區塊所產生,這些小區塊之序列至少有 62% 完全相同。其餘不相同的殘基則被賦予一分數,說明它們被其他胺基酸殘基取代之頻率。  每次取代都對一次特定之比對分數有貢獻,正值(黃色標示者)會增加分數,精氨酸負值則會減去分數。比對序列中相同的殘基(自左上至右下角對角線黃色標示者)也因它們被取代的頻率產生一個分數。  具有特殊化學性質之 Cys 與 Trp 分別得到9與11分的高分,而較易在保守性取代中被替換之 Asp 與 Glu 則各有6與5分。  許多電腦程式利用 Blosum62 為新的序列比對打分數。

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