親和性層析法與高效能液相層析法等。  電泳是利用蛋白質之質量與帶電荷大小將之分離， SDS 膠體電泳與等電焦集法可分別使用，或組合使用（二維電泳）以達到更高之解析度。  所有純化步驟都需要一個蛋白質分析

 聚胺在細胞內之濃度隨著每㆒細胞循環而有所變化，誘發聚胺形成是 每㆒細胞繁殖增生之首要之務㆒ ( 第㆒步 )。事實㆖聚胺之形成較之 RNA 或蛋白質合成還要來得早 47。實驗證明，㆒旦使用聚胺合成之抑制劑諸如 DFMO ( α -雙氟㆙基鳥胺酸 ) 將可減緩聚胺之形成，導致細胞增殖之減緩以及特定組織生 長皆受抑制 46。七、精胺酸與肌酸酐合成胺基酸磷酸是能量轉換路徑之原始受質，尤其是能量需求增加之收縮肌肉 48。它最主要的功能是維持細胞內有足夠量之 ATP。身體預估有 95%之肌酸存於骨骼肌 48。其㆗ 1/3 為自由型態，其餘 2/3 為肌胺酸磷酸。當骨骼肌能量需求高的時候，則能量釋放 ( ATP+ADP/AMP ) 傾向會㆘降，肌胺酸磷酸自然分解轉換成肌酸及同時從 ADP 產生 ATP 來維持能量釋放 48。在肌肉恢復時候則肌酸在磷酸化以利肌胺磷酸儲存於骨骼肌 48。 而肌酸從尿液排出以酸酐 ( 脫水酸 ) 型式排出 48。每㆝肌酸需求量約每公斤 28 毫克。

運輸蛋白可分析其與被運輸物質間之結合能力 激素與毒素則可測定其產生之生物效應，如生長激素會刺激特定培養細胞之生長  有些結構蛋白佔其組織含量極高之比例，可將之直接萃取出來純化之，不需要特定功能分析方法的協助  各種適用之分析方法隨待測蛋白質而異總結 精氨酸蛋白質可利用其性質之差異加以分離與純化。蛋白質可藉由添加特定鹽類作選擇性的沉澱；各種層析方法是利用蛋白質的大小、親和力、帶電性與其他性質加以純化，包含離子交換層析法、大小-排除層析法、親和性層析法與高效能液相層析法等。  電泳是利用蛋白質之質量與帶電荷大小將之分離， SDS 膠體電泳與等電焦集法可分別使用，或組合使用（二維電泳）以達到更高之解析度。  所有純化步驟都需要一個蛋白質分析與定量方法來偵測蛋白質混合物中特定蛋白質之存在。酵素純化的過程可以測其比活性之變化。

 增加管柱長度將提高分離效果（即解析度增加）；但相對地隨著層析時間的增加，蛋白質色帶隨擴散作用也會持續加寬，此現象則會降低解析度。  以圖中為例，蛋白質 A 可完全與 B 和 C 分離，但 B 與 C 之間則因擴散現象而無法達到完全分離的效果。 圖 3-17 管柱層析法。  個別蛋白質由於其性質之差異會以不同之速度通過層析管柱。胺基酸例如在陽離子交換層析法（cation exchange chromatography）中（圖3-18a），固相基質帶有負電荷基團。  此時樣品溶液中帶有淨正電荷之蛋白質通過基質之速度會遠較帶有淨負電荷之蛋白質慢，因為前者與基質間產生之交互作用延滯其通過速度。  兩種性質的蛋白質會分成兩個明顯的色帶，而蛋白質色帶在移動相中延展的情形會受到兩種因素影響：一是管柱造成性質差異的蛋白質分離的自然現象；二是擴散作用造成的色帶分散現象。  圖3-18(a) 顯示離子交換層析法利用蛋白質在特定 pH 值時之靜電荷差異進行分離。

(3) 結果雖與搜尋目的相吻合，但資料過於龐雜或稀少 ' 造成分析之困難。 步′躍六 調整或修正搜尋之條件， 重新搜尋 ， 直到獲得合理且適於分析之結果為止〝胺基酸本文範例按照上述條件進行搜尋之結果共計有 56 段胜肱符合搜尋條件肅此一總數對研判胺基酸組成趨勢分析而言顯然偏少。因此可逐步增加胜肱序列之長度以擴大搜尋範籌。為 便於說明，本文仍將針對這跖段胜肱進行結果分析 。

蛋白質序列可供解讀地球上生命的歷史  演化資訊的複雜性，會以任何可能的方式儲存於蛋白質序列之中。  以一種特定蛋白質而言，對其活性重要的胺基酸殘基 會隨著演化時間保留下來，而較不重要的胺基酸殘基就有可能隨時間改變（即可能被其他胺基酸所取代），這些發生變化的殘基可以提供追蹤演化的重要資訊。  胺基酸的取代並非總是隨機的。在某些蛋白質的一級結構裡，為了保持蛋白質的正常功能，僅能容許特定胺基酸的取代。而有些蛋白質的胺基酸變異性會比其他蛋白質來得高。  基於上述及其他原因，蛋白質彼此之間的演化速率會有差異性。