用以評估比對之品質。這個過程有點複雜性存在，有時候進行比對之兩個蛋白質在某兩個序列片段配對良好，但這兩個片段之間是由較不相關且長度不同的序列相連接，因而造成這兩個配對良好之序列無法同時進行比對

 每小區採收 10 株之加總平均重量，以 A 處理：三合一微生物肥料 (3-in-1 microbial fertilizer) 稀釋 500 倍及 B 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍均表現優於 C 處理：三合一微生物肥料稀釋 2,000 倍及 D 處理：化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)，經統計分析達顯著差異 ( 表二 )，而施用水之對照組 (CK2)，因為未追加補充營養元素與肥份平均鮮果重量最差；由結果初步證實添加芽孢桿菌 MLBV19-3 及胺基酸有助於提升肥料的功效，可增加蔬果類作物的產量。三合一微生物肥料於田間應用建議施用倍數為稀釋 1,000 倍可發揮很好的效果，也較符合農民使用的成本考量，並相較於純化學肥料處理組，青椒與胡瓜鮮果產量可分別提升 36.5% 與 17%。 表二、比較不同濃度的三合一微生物肥料對青椒與胡瓜鮮果重量之差異 (CF：化學肥料 )Table 2. Comparison of 3-in-1 microbial fertilizers with different concentrations on fruit weight of green pepper and courgette (CF: Chemical fertilizer) 三、胺基酸三合一微生物肥料於草莓與番茄測試結果草莓測試結果顯示，每小區 50 粒之加總平均鮮果重量，以 A 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍及 B 處理：芽孢桿菌 + 化學肥料稀釋 1,000 倍處理組表現最優異，分別為 1,122.5 g、1,089.2 g，推測三合一微生物肥料及芽孢桿菌 + 化學肥料對草莓鮮果產量有明顯提升的效果，比較C 處理：胺基酸 + 化學肥料稀釋 1,000 倍的平均鮮果重量 853.5 g 及 D 處理：純化學肥料稀釋 1,000 倍對照組 (CK1) 的 815.3 g，經統計分析均達顯著差異 ( 表三 )，而施用水處理對照組 (CK2) 的平均鮮果重量為 635.2 g，因未追加補充營養元素與肥份而平均鮮果重量最差；進一步測試每小區 20 粒草莓平均糖酸比之結果，A 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍及 C 處理：胺基酸 + 化學肥料稀釋 1,000 倍，草莓平均糖酸比(° Brix/g acid) 分別為 9.9 及 9.5，表現同等優異，其中胺基酸的添加對草莓糖酸比提升，增加鮮果品質具有正面的幫助，比較 B 處理：芽孢桿菌 + 化學肥料稀釋 1,000 倍處理組及 D 處理：純化學肥料 1,000 倍對照組 (CK1) 的平均糖酸比分別為 8.1 及 7.4，經統計分析達顯著差異 ( 表三 )，而施用水處理對照組 (CK2) 的平均糖酸比為 6.3，同樣因未追加補充營養元素 與肥份而草莓品質 ( 糖酸比 ) 最差。綜合結果比較分析，三合一微生物肥料中的芽孢桿菌與胺基酸具有加乘作用，可同時提升草莓鮮重與糖酸比品質。 番茄試驗結果顯示，每小區採收 10 株之加總平均鮮果重量，同樣以 A 處理：三合一微生物肥料 1,000 倍及 B 處理：芽孢桿菌 + 化學肥料 1,000 倍處理組表現最優異，分別為 1,867.5 g、1,750.6 g，可得知三合一微生物肥料及芽孢桿菌 + 化學肥料也對番茄鮮果產量有明顯提升的效果；比較C 處理：胺基酸 + 化學肥料 1,000 倍的平均鮮果重量 1,305.3 g 及 D 處理：純化學肥料 1,000 倍對照組 (CK1) 的平均鮮果重量 1,301.2 g，經統計分析均達顯著差異 ( 表四 )；而施用水處理對照組 (CK2) 的平均鮮果重量為 935.2 g，平均鮮果重量最差。進一步測試每小區 10 粒番茄鮮果平均糖度 (° Brix)，結果顯示 A 處理：三合一微生物肥料 1,000 倍及 C 處理：胺基酸 +化學肥料 1,000 倍的平均糖度分別為 8.6 及 8.5，表現同等優異，其中胺基酸的添加對增加番茄糖度品質也具有正面幫助；比較B 處理：芽孢桿菌 + 化學肥料 1,000 倍處理組與 D 處理：純化學肥料 1,000 倍對照組 (CK1) 平均糖度分別為 7.2 與 7.0，經 環狀胜肚胺基酸組成之偏妤性生物責訊在生物化學課程 中之應用

蛋白質激酶A的活化 1. 細胞內蛋白質的新陳代謝(分解)蛋白質雖有驚人的特性，卻非“長生不老”，蛋白質隨著“年紀”的增長，會累積多種發生的化學反應而造成生物活性的喪失 - 如精氨酸支鏈的硫原子氧化，天門冬醯胺酸與麩醯胺酸的側鏈的去醯胺作用，碳的異構化作用，胺基與葡萄糖間非酵素的反應(最普遍)等 - 此類不正常或老化的蛋白質需持續被分解移除2. 細胞內特定蛋白質的含量是維持動態平衡的狀態 蛋白質持續地被製造與被分解

只含有胺基酸殘基而不含其他化學組成份，這些蛋白質被認為是簡單蛋白質。 有些蛋白質除了胺基酸之外還具有永久結合之化學組成份，這些蛋白質稱為共軛蛋白質（conjugated proteins），其中非胺基酸的部分稱為輔基 共軛蛋白質可就其所含輔基的化學性質為基礎加以分類（表3-4）脂蛋白（lipoproteins）含有脂質醣蛋白（glycoproteins）含有糖基金屬蛋白（metalloproteins）則含有特定金屬原子 有些蛋白質含有一種以上的輔基，而輔基通常在蛋白質之生物機能中扮演重要角色。 表 3-4 共軛蛋白質

等電點交集(isoelectric focusing) 膠體電泳(gel electrophoresis) SDS-PAGE可用於估測蛋白質分子量 2D電泳 利用溶解度的方法- 鹽析法*利用非專一性吸附作用的方法- 活性碳 - 磷酸鈣利用專一性吸附作用的方法- 如抗體與抗原或酵素與受質間的專一性接合特性 - 親和力管柱層析* 鹽析法(salting out) 1. 一級結構是(各)多肽中胺基酸的組成與排列次序*2. 二級結構是多肽因連接各精氨酸的肽鍵(peptide bond)間產生氫鍵，而形成重複出現的特殊結構如α-螺旋與β-褶片 肽鍵的構造與特性- -C α -Co-N- C α -- 具部份雙鍵特性*，為一平面構造(amide plane, peptide plane)，自由旋轉角度為Φ與Ψ 肽鍵因共振而無法自由旋轉, 具“部分雙鍵”特性 由Ramachandran plots預測的各種構造

在序列比對過程中，我們會給予兩序列中精氨酸殘基相同的位置一個正值的分數（這個分數的數值依所使用軟體之不同而有差異），用以評估比對之品質。這個過程有點複雜性存在，有時候進行比對之兩個蛋白質在某兩個序列片段配對良好，但這兩個片段之間是由較不相關且長度不同的序列相連接，因而造成這兩個配對良好之序列無法同時進行比對。  為了解決這個問題，電腦軟體引入「間隙」的觀念。對上述序列其中一個加入間隙，即可將兩段配對序列調整成可以進行比對的模式（圖3-30）。  事實上，如果引入足夠量的間隙，幾乎任何兩個序列都能進行某些程度的比對。  圖3-30 顯示來自兩種研究得相當透徹的精氨酸細菌菌株大腸桿菌及枯草桿菌之延伸因子 EF-Tu 之局部序列作比對，若對枯草桿菌之 EF-Tu 序列加入間隙，再與大腸桿菌之 EF-Tu 序列進行比對時，可得到較佳之比對結果。兩者完全相同之胺基酸殘基以黃色區塊表示。 圖 3-30 使用間隙作蛋白質序列比對。