因此它也成為許多序列比對軟體之系統原始設定表格。  圖3-31 顯示此區塊取代基質表是經由比較數以千計之序列比對小區塊所產生，這些小區塊之序列至少有 62% 完全相同。其餘不相同的殘基則被賦予一分數

 蛋白質 每克四大卡蛋白質的功用調節酸鹼度離胺酸 甘胺酸 天門胺基酸蛋白質由許多胺基酸組成，所以會具有酸鹼性， 能緩衝體內酸鹼值，使血液恆定於7.35-7.45的弱鹼性 蛋白質的功用酸性體質？質體性鹼？ 癌症、心血管疾病、阿滋海默症等等疾病 依照飲食建議換算從蛋白質食物而來的蛋白質最多約能吃60-70克 成年人蛋白質攝取現況理想的熱量分配 成年男性（19-64歲） 成年女性（19-64歲） 1. 成年男性的蛋白質食物吃更多，且動物性蛋白質攝取比例增加，19-30歲的增加17%、 31-64歲的增加34% 2. 成年女性的蛋白質食物吃更多，且動物性蛋白質攝取比例增加，19-30歲的增加40%、31-64歲的增加14% 3. 老年人，不論男女，蛋白質食物攝取量都減少，且動物性蛋白質攝取比例也減少

 管柱的固定相是由經過特殊處理而具有特定大小孔洞或孔隙之膠體顆粒組成，大分子蛋白質因為無法進入膠體之孔隙中，會以較直接而快速的方式繞過膠體流經管柱。小分子蛋白質則因為會進入膠體孔隙中，因此需要花較長的時間才能通過管柱（圖3-18b）。 圖3-18(b) 顯示大小-排除層析法利用蛋白質大小之差異進行分離。胺基酸管柱之固相基質為具有特定孔隙大小之交聯聚合物，大分子蛋白質在其中移動的速度較小分子快。因為大分子無法進入膠體之孔隙中，會以較直接的方式穿過膠體流經管柱；小分子則因為會進 入膠體孔隙中，因此需要花較長的時間才能通過管柱。 圖3-18(b) 蛋白質純化常用的三種管柱層析方法。

進一步抽取基因體 DNA 後，再根據 Sandström et al. (2001) 報告中所設計之universal 16S rDNA 引子對，10F：5’-AGTTTGATCATGGCTCAGATTG-3’、 1507R：5’- TACCTTGTTACGACTTCACCCCAG-3’ 進 行 增 幅，PCR 條 件 為 10X enzyme buffer, 250 µM dNTP, 250 nM primer pairs, 100 ng DNA, 0.25U Taq DNA polymerase (Dream Taq, Thermo Fisher Scientific Inc.)，PCR 條件修改為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 30 s; 72° C, 1 min 30 s; 72° C, 10 mins 與最後冷卻至 4° C。 DNA gyrase subunit B (gyrB) 基因引子對，則是參考 Yamamoto et al. (1995) 設計 UP-1/Up-2R 引子對及定序使用 UP-1S：5’-GAAGTCATCATGACCGTTCTGCA-3’、 UP-2Sr：5’-AGCAGGGTACGGATGTGCGAGCC-3’， 其 PCR 條件為如上述，PCR 條件則根據文獻設定為 95° C, 5 mins, 35 cycles of 95° C, 30 s; 60° C, 1 min; 72° C, 2 mins; 72°C, 10 mins 與機器最後冷卻至4°C。將PCR 產物進行gel elution 套組回收後，所得 PCR 產物送交源資國際生物股份有限公司 (Tri-I biotech Inc. Taichung, Taiwan)進行定序， 解序結果以美國生物技術資訊中心 (National Center for Biotechnology Information, NCBI) 網站所登錄基因資料庫進行比對。 二、三合一微生物肥料之調製MLBV19-3 胺基酸菌株經由本場測試出最適化發酵條件與配方後，委外生產高濃度之菌粉，並調製適合蔬果類作物生長之特殊胺基酸配方及混合化學肥料( 由產學合作廠商: 臺灣肥料股份有限公司生產提供)，開發成兩種產品：(1) 生長肥 (AG) 成分為氮：29%、磷：9.5%、鉀：6.5%，供前期營養生長期使用；(2) 結果肥 (AF) 成分為氮： 3.5%、磷：8.5%、鉀：19%，供後期開花結果期使用，生產樣品各 100 公斤提供後續作物田試驗所用 ( 內含 MLBV19-3 芽孢桿菌菌數為 1 × 108 CFU/g)。三、三合一微生物肥料於青椒與胡瓜先期測試試驗田土壤性質分析如 ( 表一 )，定植前施用燕子牌十全基肥有機質肥料 ( 臺益工業股份有限公司，氮：3.8%、磷：2.8%、鉀：3.5%、有機質：72%)，依據每公頃推薦用量：12,000 公斤；試驗採單因子，完全逢機區集設計 (RCBD)，A 處理：三合一微生物肥料稀釋 500 倍、B 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍、C 處理：三合一微生物肥料稀釋 2,000 倍、D 處理：化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)、 E 處理：施用水之對照組 (CK2) 等 5 處理、共 4 重複，每重複共 10 株；生長期每 2 周使用生長肥 (AG)1 次共 3 次，開花期後即每 2 周使用結果肥 (AF) 1 次同樣共 3 次，

絲胺酸 纈胺酸 半胱胺酸 甘胺酸 蛋白質的 4 級結構蛋白質需要經過一連串修飾和折疊才具有功用紅色的圈代表實際作用的精氨酸為什麼需要經過折疊才有用？以酵素為例） 依照人體所需分成 3 種人體無法製造的胺基酸 一定要由飲食中得到的人體在特定情形下無法製造戒無法製造足夠的胺基酸需從飲食補充 人體可以製造的精氨酸 無需從飲食中得到的含有人體所有必須胺基酸的蛋白質稱為完全蛋白質戒優質蛋白質

當要求較高之相同性時，最具保守性之胺基酸殘基往往會被過分呈現，而使得這些基質在用來辨識相關性較低之同源蛋白質時較不適用。  測試結果顯示 Blosum62 精氨酸可提供範圍最大的蛋白質家族之可靠比對，因此它也成為許多序列比對軟體之系統原始設定表格。  圖3-31 顯示此區塊取代基質表是經由比較數以千計之序列比對小區塊所產生，這些小區塊之序列至少有 62% 完全相同。其餘不相同的殘基則被賦予一分數，說明它們被其他胺基酸殘基取代之頻率。  每次取代都對一次特定之比對分數有貢獻，正值（黃色標示者）會增加分數，精氨酸負值則會減去分數。比對序列中相同的殘基（自左上至右下角對角線黃色標示者）也因它們被取代的頻率產生一個分數。  具有特殊化學性質之 Cys 與 Trp 分別得到9與11分的高分，而較易在保守性取代中被替換之 Asp 與 Glu 則各有6與5分。  許多電腦程式利用 Blosum62 為新的序列比對打分數。