混合物在電場中分布至膠體之特定區域以建立一個 pH 值梯度。當置入蛋白質混合物進行電泳分析時，每一種蛋白質均會泳動到恰等於本身等電點之 pH 值所在（表3- 6）。  不同等電點之蛋白質

 在序列比對過程中，我們會給予兩序列中胺基酸殘基相同的位置一個正值的分數（這個分數的數值依所使用軟體之不同而有差異），用以評估比對之品質。這個過程有點複雜性存在，有時候進行比對之兩個蛋白質在某兩個序列片段配對良好，但這兩個片段之間是由較不相關且長度不同的序列相連接，因而造成這兩個配對良好之序列無法同時進行比對。  為了解決這個問題，電腦軟體引入「間隙」的觀念。對上述序列其中一個加入間隙，即可將兩段配對序列調整成可以進行比對的模式（圖3-30）。  事實上，如果引入足夠量的間隙，幾乎任何兩個序列都能進行某些程度的比對。  圖3-30 顯示來自兩種研究得相當透徹的胺基酸細菌菌株大腸桿菌及枯草桿菌之延伸因子 EF-Tu 之局部序列作比對，若對枯草桿菌之 EF-Tu 序列加入間隙，再與大腸桿菌之 EF-Tu 序列進行比對時，可得到較佳之比對結果。兩者完全相同之胺基酸殘基以黃色區塊表示。 圖 3-30 使用間隙作蛋白質序列比對。

胺基酸簡介胺基酸基本結構是含㆒胺基 ( NH2 ) 以及㆒羧基 ( COOH ) 以及㆒氧原子連結 2 個碳原子。附屬部分 ( R )，稱之為副鍵，通常它表現出每㆒胺基酸獨特之功能及屬性。此項結構對於所屬精氨酸㆒體通用，僅有甘胺酸為同質異構。世㆖有超過 300 種胺基酸存在，但僅有 20 種存在於動物性蛋白質(甘胺酸除外)皆是左旋結構。傳統㆖胺基酸存於動物蛋白質並分為必須胺基酸及非必須胺基酸兩類 ( 見表㆒ )。必須胺基酸無法內因性合成因此在食物㆗攝取是必須的。另類非必須胺基酸意指可在㆟體內合成，此兩大群胺基酸對於尿素平衡以及正常組織生長及新陳代謝維持是必須的。飲食攝取以及身體本身合成胺基酸以利維持整體胺基酸含量。多餘量之胺基酸從尿量排除。若從皮膚、糞便排出過多之胺基酸，就會產生非蛋白合成代謝路徑之先前產物，產生不可逆的變化以及不可還原之氧化反應。食物胺基酸之不平衡供應會導致組織修復減緩的結果。然而過多攝取或特殊胺基酸存在會導致組織及器官毒性。吾㆟已知在特殊情況㆘ ( 譬如：敗血症、創傷、成長 )，內因性可以合成之胺基酸，統稱為非必須性。後者對於㆟體尿素需求是不充足的。也因此，除非這些胺基酸存在於食物㆗，不正常的組織蛋白質代謝終究會發生。而這些胺基酸通常基本㆖會被稱為〝必須的。也因此大部分胺基酸大體分為必須及非必須兩類。事實㆖，係有㆔種胺基酸 ( L-胺基㆛酸、L- ㆝門冬酸及 L-麩胺酸 ) ㆔者皆可經由胺基轉移作用反應來產生，此㆔種乃真正是非必須的

另一個追蹤演化歷史的複雜因子是一個基因或一群基因在生物個體之間轉移的速率，此過程稱為側向基因轉移（lateral gene transfer）。  被轉移的基因可能與其來源個體之基因非常相似，而 同樣在這兩生物個體中之其他大部分基因則互不相關。  同一蛋白質家族的成員稱為胺基酸同源蛋白質（homologous proteins），或同源物（homologs）。  同源物的觀念可再進一步細分為：若同一家族的兩種蛋白質（即兩種同源物）存在於同一物種中，即稱之為共生同源物（paralogs）。而若兩種同源物係來自不同物種，即稱為正同源物（orthologs）。  追蹤演化的過程首先要找出合適的同源蛋白質家族，再利用它們重建演化路徑。

 (a)已知分子量之蛋白質標準品經電泳分離如第一行所示，這些樣品蛋白質可用來估算未知蛋白質之分子量（第二行）。  (b)以分子量之對數值對相對電泳泳動率作圖可得到一線性關係，如此即可在圖中讀取未知蛋白質之分子量。 圖 3-20 估算待測蛋白質之分子量。 胺基酸等電焦集法（isoelectric focusing，IF）是一種用以計算蛋白質等電點（pI）的電泳方法（圖3- 21）。  利用小分子量有機酸鹼之混合物在電場中分布至膠體之特定區域以建立一個 pH 值梯度。當置入蛋白質混合物進行電泳分析時，每一種蛋白質均會泳動到恰等於本身等電點之 pH 值所在（表3- 6）。  不同等電點之蛋白質就可以在這種膠體中分離開來。

鮮果重量調查 : 為每小區採收 10 株之加總重量；供試青椒品種為翠綠星、供試胡瓜品種為秀燕。 四、三合一微生物肥料於草莓與番茄應用測試試驗田土壤性質分析如( 表一)，定植前同樣施用燕子牌十全基肥有機質肥料( 臺益工業股份有限公司，氮：3.8%、磷：2.8%、鉀：3.5%、有機質：72%)，依據每公頃推薦用量：12,000 公斤；試驗採單因子，完全逢機區集設計 (RCBD)，A 處理：三合一微生物肥料稀釋 1,000 倍、B 處理：芽孢桿菌 + 化學肥料 (MLBV + CF) 稀釋 1,000 倍、C 處理：胺基酸 + 化學肥料 (AA + CF) 稀釋 1,000 倍、D 處理：純化學肥料稀釋 1,000 倍之對照組 (CK1)、E 處理：施用水之對照組 (CK2) 等 5 處理，其中 A、 B、C 處理之化學肥料成分含量均相同，生長期每 2 周使用生長肥 (AG)1 次共 3 次，開花期後每 2 周使用結果肥 (AF) 1 次共 3 次，供試草莓品種為香水。試驗區每 1 種處理共 4 重複，每重複 15 株，株距 25 cm，栽種密度 4,500~5,000 株 / 分地。調查鮮果重量為每小區取樣 50 粒之加總重量、糖酸比為每小區取樣 20 粒量測糖度與酸 度之比例；供試番茄品種為玉女，胺基酸番茄試驗區調查鮮果重量為每小區採收 10 株之加總重量，並於每小區取樣 20 粒量測糖度。 結果與討論一、芽孢桿菌菌種鑑定與登記要件齊備本研究自苗栗縣大湖鄉之草莓根圈土壤分離篩選之芽孢桿菌 MLBV19-3，由定序結果可以得知，於 Bacillus 菌群中，16S rDNA 基因並非為一個好的判別菌種之鑑定基因，相較 gyrB 基因，則較為能區別菌種，MLBV19-3 菌株之 gyrB 基因序列於 NCBI 資料庫比對，結果與 Bacillus velezensis AL7(accession number: CP045926.1) 相似度高達 99.41%；進一步委託食品工業研究所進行菌種鑑定結果同樣為貝萊斯芽孢桿菌 B. velezensi ( 報告書號碼 :2016D153)；再利用中央研究院生物多樣性研究中心之臺灣物種名錄網站查詢 (https://taibnet.sinica.edu.tw/)，貝萊斯芽孢桿菌 B. velezensi編號為 422896，微生物肥料登記證申辦須知公告，係屬存在於國內自然環境者之菌種，得免附環境生態試驗報告；也委託藥物毒物試驗所完成 GLP 口服與肺呼吸急毒性之動物毒理試驗中英文報告 ( 報告編號：0994G19MAO 與 0994G19MAP)，證實無生物毒性。MLBV19-3 也具溶磷、溶鉀及促進植物生長等微生物肥料的功能，溶 磷活性經國立中興大學土壤調查檢驗中心檢測達 1,117.3 µg/ml/day( 磷酸三鈣 )( 報告編號 :105F0795)、溶鉀活性達 25.0 µg/ml/day( 鉀長石 )( 報告編號：107F0270)，微生肥料登記所需之相關要件均已齊備。 二、三合一微生物肥料於青椒與胡瓜先期測試由青椒與胡瓜先期田間測試結果顯示，